Сделайте 2 разных шаблона, удобно путём копирования одного и последующего изменения.
Дальше в настройках сайта (путь смотри в комментарии #152) задайте сначала шаблон для внутренних страниц (без условия), а ниже сделайте условие, что если страница главная, то она будет с другим шаблоном (/index.php). Вот рисунок
Разные шаблоны у главной и у внутренних страниц сайта на Битриксе